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DNA污染監測的一種方法

更新時間:2020-11-13  |  點擊率:1308

對于高靈敏的PCR技術來說,少量的DNA污染就可導致PCR假像或假陽性。污染的DNA來自于氣溶膠中DNA 片段。這些氣溶膠中的DNA可源自離心機、移液器和其它實驗室設備,或從PCR反應管中飛濺出來。它們很難去除,并可能導致樣品之間的交叉污染。在擴增過程中檢測到的單個外源DNA分子,就可給整個實驗過程和結果詮釋帶來很多問題。不幸的是,即使是經驗豐富的實驗室,DNA污染也會偶爾發生,并且只有當PCR檢測到時,才會引起注意。

 

值得指出的是,桌面和實驗室工作區,以及分子生物學實驗室中的設備(例如離心機,移液器,反應管架等)等不同表面容易暴露于目的DNA和擴增DNA的污染中。在實驗前后,通過觸摸門把手,紙張,計算機鍵盤和鼠標,實驗室操作員也會無意間攜帶和擴散DNA污染,而不論他們是如何富有經驗或怎樣謹慎。此外,某些PCR技術如qPCR兩步法或巢式PCR,在將DNA從一個PCR轉移到下一個PCR時,也增加了擴增產物污染的風險。

 

下面筆者提供一種DNA污染監測的一種方法,即采用SwabUp™Lab Monitoring試劑盒,可追蹤分子生物學實驗室內DNA污染的熱點區域,以便有效地消除它們并防止未來再發生。 實驗室和工作區域的定期清潔和監控可以幫助及早發現和避免DNA污染。 SwabUp™Lab Monitoring試劑盒包含了用于樣品收集、DNA提取和PCR擴增的組件,是一套能勝任環境監測的系統。

SwabUp™Lab Monitoring試劑盒非常容易使用。涂抹拭子裝在密封的塑料袋中。涂抹拭子的桿由塑料制成,頂端由植絨尼龍纖維制成,具有出色的吸附性能。拭子桿上有一個模制的斷點,方便收集樣品后拭子折斷并將其插入到含有【收集緩沖液】的Collection Buffer tube中。廣泛測試證實這種拭子非常有效。DNA提取系統經過優化,可有效檢測極小量的污染DNA。此外,在SwabUp™ Lab Monitoring Plus試劑盒中還包含無污染的即用型PCR系統,以排除交叉污染(因用戶自己的PCR試劑和緩沖液污染而導致)。

該方法簡單,包括以下一般步驟:(1)使用提供的拭子收集樣本,(2DNA與純化柱的選擇性結合,(3)去除殘留的其他污染物和抑制劑,(4)純化DNA的洗脫,(5)使用凍干的SwabUp™DNAmp Mix進行PCR擴增。

應從容易遭受DNA污染的暴露的表面和/或設備采集樣品,如離心機、移液管、反應管架、門把手、實驗室書籍、計算機鍵盤、計算機鼠標、觸摸板,臺式機以及任何分子實驗室的工作區域。

 

應使用拭子頭收集每個樣品,并充分擦拭每個不同的10×10厘米的表面。

 

DNA提取是必要的,可避開抑制PCR的物質,如纖維、組織、灰塵或樣本中的高豐度蛋白。因此,在PCR進行前,應先作DNA提取。該流程不需要酚/氯fang試劑,并且DNA提取和PCR體系制備需要的手動操作很少。DNA提取約30分鐘內完成,并且建立PCR反應體系只需幾分鐘,因為PCR預混液是即用型的。

 

 

操作流程一覽

 

  1. 樣本收集

 

  1. DNA 抽提
  2. 附錄I
  3. 1. 實驗室監測和追蹤污染熱點區域。 
  4. 為了監督分子生物學實驗室清潔程序的效率,實驗室和環境監測應每三個月進行一次。

     

    * DNA提取對照非必選,但我們建議設立該對照以驗證DNA提取流程。

    **內部對照非必選,它能用于驗證PCR的擴增。

    2. 清除和防止DNA污染的措施

    如果在實驗室中檢測到DNA污染,則應按以下步驟進行:

     

    1)如果在某個區域內檢測到DNA污染,而該區域是常規清潔程序的一部分,那么應立即使用含次氯酸鈉的表面清潔劑再次進行清潔(對于敏感的表面,應尋求適當的替代品)。

    2)對于常規清潔程序,您應進行修改并采取措施以改進。

    3)如果在某個區域內檢測到DNA污染,而該區域不是常規清潔程序的一部分,那么您應立即將此區域納入到實驗室常規清潔程序中,并通知所有的實驗室操作員并進行適當的培訓。

    4)清潔后重復PCR擴增,直到不再檢測到污染為止。

     5)確保您實驗室中的所有操作員都充分了解這些措施,并進行了相應的培訓。

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